Afin de s’inscrire dans la démarche préconisée par la Gestion budgétaire et comptable publique (GBCP), l’Ineris s’est doté d’une organisation visant à la maîtrise globale des risques comptables et financiers, reposant notamment sur un comité d’audit. Son champ d’action est celui de l’ensemble des activités, de l'Ineris en tant qu'EPIC, sans prendre en compte les filiales.